(05月14日) 第1集
揭示謎檔案精華. 為了引起觀眾的好奇心、提高追看性,首集將會扼要披露13個《謎檔案》的精華片段。
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(05月15日) 第2集 - (05月18日) 第5集 【麥田神秘圓圈之謎】
世界各地的麥田都發現奇形怪狀的圓圈圖案，是外星人留下的痕跡?是人類自己的惡作劇?還是超能力的顯示？我們將會從歷史上第一個神秘圓圈開始，拆解「麥田神秘圓圈之謎」。
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(05月21日) 第6集 - (05月22日) 第7集 【聖痕之謎】
不斷有人聲稱身體離奇出現神秘血痕，而血痕與耶穌被釘十字架所出現的傷痕相類似，這究竟是不是耶穌顯靈？還是有人全心欺騙？訪查身上出現過神秘血痕的被訪者，解構不可思議的「聖痕之謎」。
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(05月23日) 第8集 【人體自焚之謎】
一個人為什麼會突然著火燃燒？數百年來都不斷有人傳出自焚而死的消息，那惡運會不會隨時降臨到我們身上?每一個都有可以成為下一個受害者？最驚心動魄的「人體自焚之謎」！
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(05月24日) 第9集 - (05月25日) 第10集 【人狼傳說之謎】
月圓之夜，人會不會真的全身長出毛髮，變身人狼呢？人變身為狼，是基因變異還是遺傳病變作怪？以科學及醫學角度，解開「人狼傳說」之謎。
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(05月28日) 第11集 - (05月29日) 第12集 【法老王的咒語之謎】
法老王的咒語可以殺人？墓穴打開後，曾經進入的探險家、考古學家、遊客等，相繼地離奇死亡；同時，陵墓內，發現一種生存3000千神秘生物。係咒語？係巧合？追查「法老王的咒語」之謎。
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(05月30日) 第13集 - (05月31日) 第14集 【野人之謎】
野人的真面目是怎樣的？中國有沒有野人？中國湖北省神農架林區，超過300人聲稱見過野人出現。專家更發現懷疑是野人的毛髮、腳印、糞便和睡窩，全力追查「野人之謎」。
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(06月01日) 第15集 【大腳怪之謎】
1967年，美國有人聲稱拍到了大腳怪的片段，片中全身黑毛的生物，是不是大腳怪？大腳怪是不是真實存在？或是一個驚世騙局？追查「野人之謎」。
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(06月04日) 第16集 - (06月05日) 第17集 【都靈裹屍布之謎】
據講包裹過耶穌屍體的一塊布 ─ 都靈裹屍布，上面清地印了一個人的面容，還殘留了一些復活的痕跡。聚集全球專家，以最先進的科技，抽絲剝繭，揭開「都靈裹屍布之謎」。
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(06月06日) 第18集 - (06月08日) 第20集 【水怪之謎】
究竟尼斯湖底是否真有水怪？中國又有沒有水怪呢？若水底真的有水怪，為什麼數百年來都沒有人可以拆解這個驚世之謎？走遍世界各地，由專家組成大型考察隊，追查「水怪之謎」。
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(06月11日) 第21集 - (06月12日) 第22集 【屍身不腐之謎】
為什麼人可以打破自然定律，死後屍身不腐？世界各地出現千奇百怪的乾屍，有男有女，有老有。每一具乾屍背後都有一個不尋常的故事，揭開每個「屍身不腐之謎」。 ____________________________________________________
(06月13日) 第23集【兩千年女屍不腐之謎】
中國有一具跨越二千年的女屍，竟然仍能保存不腐，而且她不是一具乾屍，屍身的皮膚仍然有彈性。走進神州、深入古墓，追查「兩千年女屍不腐之謎」。
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(06月14日) 第24集 【金縷玉衣之謎】
傳說中以金線、美玉製造而成的金鏤玉衣，是否真實存在呢？ 中國古代皇族都傾盡全力，為自己度身訂造一件金縷玉衣，是希望屍身永垂不朽，揭開「金縷玉衣之謎」。
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(06月15日) 第25集 【懸棺之謎】
什麼是懸棺？在四川、褔建等地，發現三百多副、超過五百年以上的棺材，全都懸掛在懸崖峭壁之上，當中還牽涉一個神秘部族一夜之間消失的離奇怪事，最後一集，追查「懸棺之謎」。
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