雖然皇后、貴妃、公主們被賜死或殺死，崇禎自己也一死殉國;但他對於三個兒子，總還是抱著他們能夠逃出去重振社稷的希望。便把他們交給心腹太監們讓他們想辦法逃出去，但這個太晚的決定並沒有挽救皇子們的命運。那些平日裏最受皇帝信任的太監們可沒有什麼赤膽忠心。面對北京到處都是農民軍的情況，他們或是把皇子留在街上讓他們自生自滅（這還算是仁慈），或是乾脆拿著皇子去向大順軍請功，於是，他們全都落入了李自成的手中（取自《甲申核真略》和《定思小紀》的說法）。
李自成並沒有立即殺死他們，而是帶著他們打起“克復神京、奠安宗社、乾坤再整、日月重光”旗號,去征討和他作對的吳三桂。為的是以皇子來要脅吳三桂——李自成自然不知道吳三桂後來對南明永曆帝的所作所為，否則的話絕不會想出這個笨主意。在山海關，李自成被吳、滿聯軍擊敗，接著一敗再敗，三位皇子卻奇跡般的活了下來，並擺脫了大順軍，走上了各自不同. 但最後殊途同歸的路。說殊途同歸，是因為三位皇子雖然相差了幾十年，但最後都死在滿滿清廷手中。
先說皇長子，也就是太子朱慈烺，他的身份最尊貴，運氣和遭遇也最差。從大順軍中逃出後，可能是因為要尋找親人，他回到了已經掌握在滿清手中的北京，找到了自己的外祖父周奎，寄居在周家。並和自己的姐姐，那個被崇禎帝砍掉一隻胳膊的長平公主重逢，姐弟倆抱頭痛哭。然而周家人都是勢力小人，哪里會保護這位燙手山芋？太子的舅舅周繹出面，要剛住了兩天的太子馬上走人。在亂軍當中吃夠苦頭的少年太子早就一肚子怨憤，又見到這些臣子加親人的不忠不義，哪里還壓得住火？與自己的舅舅大吵起來，以至於雙方拳腳相加，終於驚動了鄰里和巡捕，周奎見瞞不住，便把自己的外孫子舉報了。
清攝政王多爾袞無端的抓住了大明未來的真命天子，按說應該是喜出望外，可事實上明太子的落網並不那麼簡單，無論是殺是留都很麻煩。作為外來入侵者，滿清一方面為了收買人心，可以禮葬崇禎皇帝，可以善待所有不再抵抗的人，另一方面對於他們一統中原的障礙決不會手軟。可明太子正好處在這兩種態度的矛盾之中，若是留著他，明朝的忠臣義士就會心懷希望的打著他的旗號前赴後繼。可如果殺了他，滿清精心炮製的“為明朝報君父之仇”的幌子就會不攻自破。
多爾袞不愧是精明的政治家，他很快想出了一個一箭雙雕的好主意，那就是——讓人指出太子是假的，以“冒充太子”之罪將太子殺掉。於是，一場“認證真偽太子”的鬧劇上演了。首先是親人指認，太子外公周奎和舅舅周繹，自然領會了攝政王的上級意圖，一口咬定太子是假冒的，長平公主堅持說是真的，被周奎打了一個耳光後也不再說話。原太子的侍奉太監裏，有幾個不知天高地厚的指認是真，馬上被處死，剩下的也就承認是假的了。連曾經是太子老師的原內閣大學士謝升也指出是假。雖然太子當眾說，謝先生，某年某月某日，你講書時說過某事，現在還記得嗎？弄得謝升啞口無言，怏怏而退。但結果已經出來了，太子是假的。還有人上表堅持說是真的？好辦，殺!一口氣殺了十五個爭辯的大臣，終於沒人敢說話了!太子在被押上斷頭臺的時候也許明白了，他來北京是看到滿清禮葬他的父皇，才以為也會厚待他的，可父皇受到禮遇是因為死了，而自己是活的。他終於連一個以太子的身份去死的機會都沒有了。（以上史實出於《石匱書後集》和《甲申傳信錄》）
皇三子定王朱慈燦，一直以來下落不明。到康熙18年三藩之亂快要平息時，定遠大將軍安親王岳樂，在湘中抓獲了一幫乘亂招兵買馬的草頭王，審問後發現他們還有同黨，是一個還俗的和尚，自稱叫朱慈燦。抓獲後，發現供述的情況與真正的皇三子情況極為相像。與順治8年、12年、13年、16年和康熙12年打著“朱三太子”旗號起義的諸多皇三子大不相同，完全有可能是真的朱慈燦。這回，滿清政府可比剛入關的時候成熟多了，康熙皇帝像彈灰一樣漫不經心的說道：“彼時朱慈燦年甚小，必不能逸出，今安得尚存？大約是假。”便決定了這位“朱三太子”的命運——以一個打著朱三太子旗號的混混的身份殺掉。（《八旗通志》和《清聖祖仁皇帝實錄》有載）
最小的皇四子永王朱慈煥應該是兄弟姊妹中最幸運的一個，在大順軍中與兩個哥哥失散之後，與一位姓毛的將領逃到了河南，種了一年地。後因為清政府清查“流賊”，姓毛的逃走，他只能一個人流浪。後在鳳陽遇到了一位前朝姓王的給事中，老給事中念及皇恩，將他收養在家，並讓他改姓為“王”。當王給事中去世後，朱慈煥又過上了流浪的生活。在浙江又遇到了一位前朝姓胡的官員，這位胡大人也是個心念故國的人，便將自己的女兒許配給他。從此朱慈煥以余姚“王士元”為名，靠教書為生。到了康熙47年，他已經七十五歲，並且組成了有一妻一妾，六子三女，一個孫子的大家庭。他對於自己的身世一直守口如瓶，但作為明朝皇室的嫡系子孫，他最終也沒能擺脫高人一等的意識：他按皇家的傳統，在為所有的兒子取名時以“和”字排輩，最後一字還都是帶有土部的怪字。這些舉動逐漸為人們所注意，一位念一和尚在浙東起義時便打出他的旗號。這終於使這位隱藏了幾十年的明朝皇子遭到了滅頂之災。化名王士元的朱慈煥全家被捕，他的男性家人無一漏網，妻妾和女兒都自縊而死。
