等我黎幫一幫下你地啦~
伴隨開場音樂出場的是七釜戶博士，聽完開場介紹後會進行說明“ ””” ？””！”，注意選了第一項鍵位說明後中途會出現一個觸摸屏測試，請點紅色的“是”。第二項是說明，選擇最後的不要緊——之後下屏出現一個精靈球，點擊中間的按鈕，跳出卷耳兔，博士會進一步說明，接下來就是主角選擇了~~~按照自己的初衷，鑽石版男主角，起好名字後點擊下屏右上角的淡紫色按鈕完成，接下來給勁敵起名字，注意可以選擇最上方的自主命名，也可以選擇下面的那些規定好的名字，OK，游戲開始了！
剛看完博士研究所的介紹，勁敵就匆忙地跑來了，當然是喊主角一起去研究所了~不過這家伙也對桌子上的新電腦感慨了一番……那麼趕快出發吧！來到樓下同媽媽打招呼後得知勁敵正在等待自己，剛要出門卻又被老媽叫出，要小心草叢中出現的怪獸哦！按X打開背包查看一下菜單和隨身攜帶的道具吧~~~接下來就可以出門了，來到村子左上方勁敵的家，剛要進門就被匆匆出來的他撞個滿懷，不過這家伙又忘了拿東西，去二樓看看他吧。在二樓看她整理好東西後就可以前往村口了，正當兩人被路口的草叢難住的時候，博士來了。“你們真的喜歡精靈嘛？”廢話，當然了！選“”，正好這時候博士的助手，異性的副主角也來了，下面就要由三個人來選擇主角精靈了——調查異性副主角身邊博士的手提箱，選擇主角精靈，火猴最高，哦耶！不過當博士和助手一走，勁敵竟然提出要對戰！果然又恢復了該死的得到精靈就要和相克的精靈對戰的設定……——注意，勁敵選擇的怪獸將克制主角所選擇的精靈，而剩下的那只就是異性副主角的了。
戰斗完畢後自動回家，跟老娘匯報完畢後獲得加速鞋，然後就趕緊去博士研究所吧。可是來到村口卻又被勁敵那家伙拽著要去湖邊探險……什麼？！在左邊的湖邊看到的竟然是……一個藍頭發的家伙？！（拜托……玩過珍珠鑽石的沒人不知道這是銀河團老大好吧……不過出場這麼早好意外哦）接著奇怪的聲音響起……OK，傳說精靈的探索到此為止，趕緊去博士研究所吧。
一路向右來到新的城市，看到女主角正在研究所門口等著。兩人對話後剛要進入研究所，又被匆匆闖出的勁敵撞個滿懷，他到底在急什麼……進入研究所與博士對話後正式獲得小火猴！之後博士把怪獸圖鑒交給了主角，接下來就由作為導游小姐的女主角來向主角介紹口袋世界的各個建築設施的用途了，臨出門的時候從博士處獲得技能訓練機27（報恩）：恢復怪獸體力的口袋中心，販賣各種道具的商店，這時女主角突然想起來讓主角回趟家，好吧，回家和老媽對話休息一晚上並獲得，這時勁敵的母親也趕了過來，得知兩人要出發旅行時把交給了主角，讓他轉交給勁敵。OK，家裡的事情也交代完畢，可以安心去冒險了！再次來到女主角攔路的草坪，女主角會向主角演示如何捕獲怪獸——順便注意下道具的使用方法哦~~~ 之後會收到女主角的5個精靈球作為禮物。之後的道路就需要自己走了——注意，從此後會在道路上出現挑戰的訓練師，所以稍微練練級吧~~~
沿202號道路前進，打敗了幾位路上的精靈訓練員後來到長壽市，剛進入城市就迎來了女主角，兩人突然發現一個形跡可疑的家伙……原來這個就是那個“偵探研究員”漢撒姆（英俊）先生了。獲得（戰斗記錄器）！
似乎勁敵也在這個城市中。果然，在精靈中心左邊的學校裡找到了正在黑板前聽課的勁敵，跟他對話把他媽的托付物交還給他，同時主角也從勁敵處獲得了地圖！在學校右邊的訓練場上可以與訓練師對戰，這一對男女對手使用怪獸都是LV5的胖胖翁和LV6的胖狸，他們都會在戰斗中使用輔助道具……戰勝2人後與男訓練員說話就可獲得傷藥（我靠！不是覺醒訓練機！），就是可以學凱西的覺醒了。走出學校，從市中心的人的嘴裡得知城市裡有三個人會給你對獎券——在商店門口有一個小丑，跟他對話選擇是將可以獲得口袋手表的對獎券1；水池上方大廈門口處的小丑，也選是，獲得對獎券3，最後一張在城市左側飄紅旗的大樓門口的小丑手裡，同樣也是選是就可以獲得了。三張獎券入手，回到商店左邊的那個人處，跟他對話就可以獲得新的冒險工具口袋手表了！這時下屏會顯示為時界面哦——這次的手表有兩個按鈕，是向後或者向前一個功能，類似於向前向後翻頁功能的~~~順便說一聲，全球交換中心就在這個城市，不過似乎現在還在修建，有個女的攔著不讓進入。在商店正上方的房間中可以得到先制之爪。
向城市左邊進發，在通向218道路的關卡處同左邊的大叔對話可獲得破釣竿，不過貌似很難釣到東西……釣上來的也只是鯉魚王……左邊的水路暫時通不過去；回到城市向上出城路上有些訓練員可以進行挑戰，不過上面的那個洞穴裡的巖石暫時還沒有拿到碎石無法破壞，所以還是先去找其他道路吧——另外洞穴前的那片草地裡是有玫瑰的最初形態的，喜歡玫瑰的可以抓一只，另外，由於第一道館是地面系的，使用草系會有相當大的幫助，建議培養哦；向右走出城會再次見到勁敵，注意提前去中心回復一下，這次是勁敵的首次挑戰，使用的是LV7的胖胖翁和LV9的主角精靈（克制你的那只），被打敗的勁敵很不服氣地跑走了，繼續我們的旅行！這裡的草地上有精靈球和驅蟲劑，水池裡可以釣到鯉魚王；建議這裡稍微練下級，尤其是猴子最好盡快到14級進化學會格斗系的招式以對抗即將進入的洞穴及後面的道館戰。從右邊的洞口中進入山洞，在洞內的大叔會把技能訓練機06碎石交給你——如果身上暫時沒有能夠學習該技能的怪獸請就地取材，洞穴裡遍地都是的可達鴨可以習得，然後再這個洞穴的二層（等打完第一個道館才能過來破壞巖石到達）可以揀到星砂、技能訓練機07……
走出洞穴來到黑金市，被一個男孩一路拉到了道館門前，看到已經在這裡等待的勁敵，看來他已經捷足先登了呢~~~不過似乎道館首領此時並不在……從城市下方進入礦場，在洞穴深處終於找到了帶紅色帽子的工頭兼道館首領，剛與他對話就看到他使用碎石破壞了眼前的巖石……帶著眼鏡的暴力男……找到他以後就可以離開洞穴了——在這個洞穴裡可以揀到回復藥；回到地面，發現道館門口的勁敵已經不在了，說明館主回來了，去口袋中心回復一下，開始第一次道館挑戰！
第一個道館訓練員使用PM：
LV10小拳石、LV8小拳石+LV7大巖蛇
館主：LV12小拳石+LV12大巖蛇+LV14化石龍
打敗巖石系道館，煤炭徽章正式入手！同時獲得技能訓練機76!
挑戰道館完畢，回到長壽市，又遇到秘密偵查員……這時GTS已經可以進入了，不妨去參觀一下；向上走，本想去先前被巖石阻攔的地方，卻先看到了博士和女主角，以及和他們一起的兩個陌生人。剛一對話便進入戰斗，男女主角首次並肩作戰！被打敗的兩人匆匆逃走了。博士告訴主角那是邪惡組織銀河團，他們似乎在計劃著什麼。博士剛走，一個胖子來把交給了主角——看起來是選美用的東西哦。上行再次進入洞穴，使用碎石破壞掉堵路的巖石，洞內可以獲得技能訓練機39，從右側出洞後來到204號道路，這裡有睡眠藥、技能訓練機09。
沿著204號道路來到索諾鎮，呃……好熟悉的景象，看到那麼多花圃也該想到這裡的設施了吧，沒錯，花店……在門口栽了兩排樹的就是花店，可以獲得果實01、07和水壺。另外——在左上角的樹叢又看到了銀河團二人組在密謀著什麼……這裡沒有道館，向右來到205道路，路上有 2、3號果實，不過在路上被一個找爸爸的小女孩叫住了，他的爸爸在哪裡？先不要急著向上走，向右來到谷間發電廠，門口的是——銀河團成員？開戰！獲勝後對手轉身進入了發電廠，但是鐵門被關閉了，沒有鑰匙暫時沒辦法進入，先走吧——回到左邊的索諾鎮，到左上角的花圃處，剛才的銀河團成員已經不見了，從他們讓出的缺口處進入（874一下，這裡居然是一個入口），來到白岱森林。一進來就看到他們又在脅迫某人，戰斗！打敗了銀河團的主角收到了被救的人的謝禮———和，擁有了發電廠的鑰匙，這下可以進入發電廠了！回到發電廠，調查鐵門用鑰匙開啟後順利進入。眼前的幾個銀河團成員，啥也不用說了，一個個地擺平吧。最後的紅頭發女干事用的是LV15的蝙蝠+LV17的……肥藍貓……打敗了他們之後剛才的女孩終於來找到了自己的爸爸。
走出發電廠，漢薩姆先生又來了，檢驗完畢發電廠事件並誇獎了主角以後指示前往白岱市！回到205道路，橋上堵路的銀河團成員已經消失了，繼續上行，電松鼠終於在接下來的草叢中可以捕捉到了~~~ 路上還有攻擊上升膠囊、精靈球、3、7號果實、較好回復藥，另外，在上方進入森林前的小屋裡跟女主人可以休息回復體力哦！回復後就從房屋左上的入口處進入白岱森林吧！一進森林，一個叫毛米的女性就和主角結伴而行，注意由於毛米的存在，在森林裡的戰斗都是雙人戰，毛米使用的怪獸是幸運蛋。森林很大，裡面道具也不少：解毒藥、麻痺藥、超級球、恢復藥、蜂蜜；帶著毛米來到右上方的出口處，毛米非常感謝主角，道謝並以（安閒鈴铛）作為謝禮之後先離開了，這時候單人行動了可以回頭去森林轉轉，這裡也有不少怪獸可抓哦，褐兔子、蓑葉蟲都在這裡；走出白岱森林，再次回到205號道路，森林出口附近的池塘上方可以摘到1、3、7、7號果實，下方有傷藥。同橋上釣魚的幾位大叔較量之後便來到下一站：白岱城。這裡怎麼好象也看得到銀河團的身影？當然進入城市的第一件事自然是挑戰道館！來到這裡的道館，與門口的館主對話後進入其中，眼前的景象不禁讓主角大吃一驚，這裡竟然是一個巨大的花時？
草系道館規則是：每戰勝一人時會旋轉一定角度，必須到達3名訓練師所在處並與之對話進行對戰並取得勝利後方可出現館主。
第二道館草系道館戰斗資料：
LV17的玫瑰苞+LV17的雙色玫瑰
LV15的玫瑰+LV16的玫瑰+LV17的玫瑰
LV19的雙色玫瑰
館主資料：
LV20草龜+LV20櫻花獸+LV22假面玫瑰
獲勝後獲得森林徽章及技能訓練機86。
從道館出來，在口袋中心回復完畢後先到隔壁右邊的民居訪問一下，老爺爺會給你——以後將要在地下世界挖掘時使用的挖掘裝備。正當主角來到最上方的被小樹擋住的建築門口時，勁敵又從背後沖過來，拉著自己來到雕像前，又見到了藍色頭發的研究歷史的怪人……勁敵那家伙又匆匆跑掉了，回到剛才被小樹擋住的建築門口時，一個黑衣金發女子希羅娜前來，得知是博士的委托人後，她把秘籍訓練機01砍樹交給了主角。獲得了砍樹就趕快讓怪獸學會吧，砍斷最上方建築前擋路的小樹，進入建築物，又看到很多銀河團的家伙——不過門口的那個居然是偽裝的漢薩姆大叔！戰斗！大廈裡可以獲得藍色碎片和元氣碎片以及升級道具；一路沖殺到頂樓的4F，見到了紫色頭發的銀河團干事又在威脅群眾，殺！LV21的蝙蝠和LV23的臭鼬王，注意她的第二只怪獸會放毒讓怪獸陷入毒狀態；戰勝後奪回了皮皮和兔子，大叔在表示感謝後也離開了。從大廈出來，右邊的小道可以揀到技能訓練機46；這個城市裡還有賣中藥的地方，就在銀河團鬧事的大廈右側。接下來就是去拿游戲的另一個重要設備了——單車~~~口袋中心下方商店正上方的建築就是這次的自行車行，沒想到進去之前先遇到了希羅娜，她把一個精靈的蛋托付給了主角，好激動，不知道會出生什麼精靈哦(波克比)！進入自行車商店一看——哦呀，這不是剛才救助的那位大叔嗎？與之對話他為表感謝當然就以單車相許了——這次的單車可以通過按B鍵來改變檔位，一個是加速擋，剛加速的時候比較慢，但後來就快了；一個是一直一個速度，根據需要來調整吧（而且這次騎車的姿勢也很有趣哦，如果在中途停下來面朝下方的話可以看到主角是單腳著地支撐的）；接下來到下面的城市出口處於等候在這裡的博士助手對話，可以查看到已經見過的怪獸，並且可以獲得學習裝置。
拿到單車後，差不多也該告別這個城市了，向左回去的路暫時不能同行，如果從右邊211道路走的話注意草叢中地面上有土堆的裡面埋著人……一旦靠近就會詐屍一樣地蹦出來……使用碎巖過橋後可以揀到技能訓練機12，不過如果繼續進入右邊洞穴，裡面的大石頭暫時無法移動，所以還沒辦法繼續通行——老老實實回到剛才的白岱市向下進發。206號道路是傳說中的單車道，上面有不少可以交戰的對手。一直來到最下面的城市玄關，與這裡的女孩對話可以獲得新的選美道具；穿過206號道路，這裡的環境非常熟悉啊，原來這裡就是當初沒有單車不能上行的地方呢~~~如果不慎掉下去了請騎單車沖上來——注意如果速度不對的話請按B鍵換檔即可。繼續沿著207號道路向右走，路上可以揀到較好的傷藥；進入殿元山洞之前遇到了女主角，在她的詢問下需要選擇“（右）”“（左）”，而無論選擇哪邊都會獲得（挑戰搜索機器），並且口袋手表都將新增坐標功能。告別了女主角，進入山洞中，沒走多遠就又碰到藍頭發男子，他說自己是來殿元山尋找神話的？帶著疑問向右走出山洞，這裡是208號道路，可以揀到戰斗中速度提升膠囊、精靈球、、16、17、18、20號果實*2；同一個穿道館服裝的人對話還能獲得（要石）；另外，果實名人的家也就在這裡哦~~~
經過長途跋涉，經過了208號道路的城市玄關，終於來到了下一個城市綠城！剛進城就看到一只兔子迎面跑來，原來是一個女孩的兔子不願意回到精靈球了，不過，聽她的話，似乎這裡正在進行著選美大會？與馬路中間一個戴著紅帽子的員工對話，他會帶主角來到華麗大賽的會場門口沒想到剛一進門就看到了剛才帶著卷耳兔和媽媽？！原來她竟然是選美大賽的裁判耶，媽媽把物品交給主角也先回家了。又剩自己了，先去和前面櫃台前的男士對話一下他就會給你萬能松餅了，現在如果有興趣的話也可以試試華麗大賽了~~~不過不要耽誤了行程哦——不過城市的道館還沒開，據說館主去選美了……在選美大廳看到紫色服裝的館主，對話後她先離開了，接下來可以去挑戰道館了！
鬼系道館規則：
用燈光尋找地面上藍色標記，再尋找對應形狀紅色標記進門，進錯門的話就會回到開頭重來；另外，這裡每次進入房間藍色標記形狀和地點都會變，所以不要指望SL了……
鬼系道館戰斗資料（建議全打，一個都別漏）
LV20鬼斯lv22氣球鬼，LV23夢妖
LV23鬼斯，LV21氣球鬼LV21氣球鬼，LV23鬼斯通LV24夢妖，LV21鬼斯LV22鬼斯LV24鬼斯通
館主：LV24夜骷髅，LV24鬼斯通，LV26夢魇
順利獲得鬼系徽章及技能訓練機65！
從道館出來，先去商店右邊的房間裡拿一下制作面包必須的面包盒吧，順便商店左邊的房間裡可以制作面包~~上方的散步區也可以進去溜達溜達，在白金裡散步區可以帶任意怪獸進去喽，並且那些塔狀物可以傳送，技能43，45都在這裡~口袋中心右側的房間裡與水木對話將獲得伊布……
不過現在先從剛才城市下方向右走吧！走之前一定要先回復！因為又是勁敵戰在等待著自己！
正當主角來到城市右下方通過城市玄關時再次遭遇勁敵，開戰！這次他已經培養的怪獸是LV25的卷毛翁+LV23的小火馬+LV27的王子企鵝+LV23 的雙色玫瑰。打敗了勁敵，通向209道路開啟了，出發吧。
在209號道路上，與橋頭釣魚的大叔對話可以獲得較好的魚桿，而且可以揀到蜂蜜、戰斗時命中上升膠囊、技能訓練機47、HP增加劑、2、6、16*2號果實，本作的墓塔就坐落在這裡，不過裡面暫時是大霧，進去也沒啥用，所以可以稍後再來；終於結束了209號道路的旅途，來到了新的目的地花蕊鎮，又看到勁敵迎面沖來，據他說這裡的遺跡很有意思，不妨去看看，就在鎮子的右邊，這裡可以遇到未知圖騰，也是收集圖鑒不可缺少的條件之一。在商店左邊種植著8、11、18*2號果實；這個城市雖然沒有道館，但是卻有著精靈飼育屋哦，想生蛋的，想讓怪獸自己成長的就寄放在這裡吧~~~稍做休息繼續向上來到210號道路，5*2、16、20號果實可以在路口附近獲得，幸運蛋就出現在這裡的草叢中（自己失手打死了……會心……），與一個懸崖邊的女人對話可以獲得技能51，此外還能揀到超級球；來到209號上方的餐廳，同這裡的服務員及吃飯的顧客對話可以進行對戰，另外這裡可以買到物美價廉的某某牌牛奶（可回復體力）。與209號道路右側相接的是215號道路，這裡又是一個終日下雨的地方，路上可以揀到PP回復、3、17號果實*2、12、13號果實、和（拳板）、技能34、萬能藥；與橋上穿道館服裝的人對話可得訓練機66
穿過215號道路盡頭處的玄關，來到了新的城市戶張市——算是中心城市吧，所以設施也是最齊全的，百貨商場、游戲中心都在這裡，不過怎麼這裡也出現了銀河團，看來惡戰是避免不了了，先去城裡轉轉吧！左下方並排的兩間屋子裡，左邊有個女的需要來進行怪獸交換，而右邊房間裡的小丑會和玩家玩猜左右的游戲，完全憑運氣的，蒙吧，至少蒙對一次，他會把游戲中心需要的代幣盒送給你的正當主角來到道館門口時，意外地發現女主角也在這裡，她也是來挑戰的嗎？還好沒有開戰……不過水系道館館主的英雄假面怎麼從這裡走出來了呢？不管了，先挑戰再說……
格斗系道館規則：推動沙袋（面向紅色沙袋按方向鍵）使其沿線滑動破壞障礙，走上擂台對戰獲勝後即可通過，直至到達館主所在處。
格斗系道館戰斗資料：
LV23豪力LV25豪力LV27豪力
LV26毒蛙LV26豪力
LV25腕力LV25瑜伽猴lV25豪力
LV28怪力甲蟲
館主：LV28瑜伽猴+LV32魯卡裡奧lV29豪力
獲勝後獲得格斗徽章以及技能訓練機60。
一出道館門又看到女主角，是不是用陰魂不散來形容會合適一些……看到主角已經進行完畢道館挑戰，她告訴主角又有新的情況了，趕快前往銀河團大樓！事不宜遲(不過還是先要去回復一下啊)，來到城市最上面，看到女主角已經跟銀河團的兩人對上了，趕快幫忙！上前對話後進入戰斗。被打敗的兩人跑進了大樓，這時果然漢薩姆先生又興匆匆的跑來了，果然哪裡有銀河團哪裡就有他……跟著他進入倉庫裡，但是沒有開門的鑰匙暫時無法進入，先在旁邊的地上獲得秘籍02飛天，以後來去到過的城市就方便了~~~（提醒一聲，百貨大廈多了地下一層，那裡有出售便宜貨耶）
在漢薩姆先生的提示下，得知在野濑市似乎能找到一些線索，那麼就出發吧！向下來到212號道路，一路向下便來到了律詩湖畔，不過這裡真的感覺好空，藍色的建築物是最大的特點——一個坐滿雙人的屋子裡與每桌人對話選擇“是”可以進行雙人對戰，出了這個房屋以後一直向下走，注意那個擋路的建築是可以進去的，是個比較不明顯的後門……跟裡面的門衛對話可以回復體力，出來後能揀到一塊紅色碎片，不過這裡暫時沒有其他什麼了，走出玄關，向下面的213號道路的海岸線出發！213號道路海岸附近有不少對手可以挑戰，向左走的一間小房子裡的胖子可以幫你檢查排位第一的怪獸和你的親密度；海岸上可以獲得的物品有技能訓練機 40（燕返哦）、04*2、14、15號果實。
穿過213號道路左盡頭的玄關，眼前就是下一站野濑市了。城市中上方的野生狩獵區，門票一如既往地收費 500，30個精靈球，限時捕獲，可選擇命令為投球、喂食、逃跑、扔泥巴；城市左下方的房間每天可以獲得果實；城市裡可以獲得8、 18號果實*2；全部准備完畢後向這裡的道館發起挑戰！不過要有心理准備哦，剛來到道館門口時先發生勁敵對戰！LV34卷毛翁+LV36王子企鵝+LV32小火馬+LV32雙色玫瑰
水系道館規則（未變化）：水面的升降，地面上黃色機關的作用是使水面下降，綠色和蘭色的是使水面上升（上升幅度不同）——水面上升可使黃色的浮板飄起允許主角通過，而主角不能直接通過有水的地方。
水系道館戰斗資料：
LV32大水獺
LV33地震鲶魚
LV31長翅鷗LV31大嘴鹈鹕
LV27水鼠寶寶LV29水鼠LV31大水鼠
LV28角金魚LV31角金魚LV31暴鯉龍
LV29長翅鷗LV30無殼蝸牛LV31哥達鴨
LV34暴鯉龍LV34沼王LV37浮鼬王
獲勝後獲得水系徽章以及技能訓練機55。
出道館門就又看到勁敵，這時英雄假面館主也出來了，跟著他們來到城市中上方大濕原入口，突然閃出一個銀河團團員！別讓他跑了，追！依次在玄關左邊，玄關右邊，沙灘，律詩湖畔的旅館附近，以及最後在湖畔入口附近看到銀河團員並最後開始戰斗，中途當然少不了漢薩姆先生出來“搗亂”了~戰勝他後他終於交代了他們似乎對海水有著什麼新的打算。看著被打敗的家伙慢慢地走了，跟上去卻發現那個曾經把秘籍訓練機交給自己的神秘黑衣女子出現在眼前！她問主角是否在210號道路見到過生病的可達鴨？主角突然想起那個奇怪餐廳左邊堵住道路的可達鴨！大概說的就是它們吧~~~於是女子便把（秘傳之藥）交給了主角。收到她的委托便去210號道路一趟吧。
飛到花蕊鎮，一路向上便可以來到曾經路經的餐廳，果然堵路的可達鴨還在這裡，和他們對話，把剛剛得到的秘傳之藥交給他們，得到藥的可達鴨很高興地離開了，這時神秘黑衣女子也趕到了，看到主角能夠履行諾言她十分高興，把古代的守護掛飾交給了主角，這個看起來十分古老而神秘的道具會有什麼用呢？不過眼下已經有了新的道路，繼續前進吧！接下來的道路上可以獲得：較好的驅蟲劑、大回復藥、高級球。注意在這裡前進一段後會出現迷霧天氣，技能的命中率將降低很多，而且在地圖上只能看到自己身邊的小范圍內的東西，小心前進。順樓梯爬上山頂後向左走再下山，路上有不少對手等著挑戰，可以揀到一個煙球、2、10、12、14號果實。
終於穿越了視線嚴重障礙的迷霧區，眼前出現的是祥和的冠鳳鎮——不過比這祥和氣氛更讓人在意的就是哪兩塊石牌和站在中間的銀河團員了……與左上角商店裡的男人對話他會把分辨眼鏡送給主角；與左下角的房屋裡男子對話口袋手表將追加石英顯示界面功能；在村莊中淘寶完畢就可以來到中間的洞前向煩人的銀河團進行挑戰了，兩個石牌上的神獸造型預示了這裡將發生的事情嗎？打敗了銀河團以後一位老人來向主角表示了感謝，當她發現主角攜帶的古代守護時十分驚訝，原來這本是屬於這裡的東西，於是主角便很爽快地交還給了老人。進入洞穴，在最內部的牆上看到了三個奇特的壁畫，老人來解釋說，這三個標志是這裡的神，從古代神話傳說流傳至今，它們是三個傳說中的口袋妖怪，在這個鎮子上流傳著關於新奧地區守護神的傳說。
就在這時，藍發男子赤木突然出現，戰斗開始！LV34紐拉+LV34大嘴蝠+LV36黑暗鴨，戰勝後赤木轉眼間消失了……為了解開古老而神秘的傳說之謎，老人把秘籍訓練機03沖浪交給主角！從洞穴出來，又看到希羅娜，她說也許去美央市的圖書館能知道些什麼……飛行來到最初出發不久到達的長壽市，別忘了帶上會游水的怪獸，然後就可以向左邊進發了。
穿過城市玄關來到218號水路，在港口處下水後游到對岸。進入城市玄關，看到正在這裡等候的博士助手，他說知道主角要和銀河團對抗，所以請多加油，另外給圖鑒可以進行升級可以看出公母區別之後便走了。進入美央城，這裡是一個以水著名的港口城市，自然船埠是少不了的；商店下方民居內的女士會把訓練機48交給主角；商店上方住著的是忘光光老爹，如果有需要讓怪獸忘記技能的話就來找他了~~~
在過吊橋前請先到口袋中心回復並保存游戲進度……因為冒失的勁敵會在你過橋的時候沖過來挑戰……LV36的椋鷹+LV38鋼帝企鵝+LV37怪力甲蟲+LV35烈焰馬+LV35雙色玫瑰。獲勝後他又很不服氣地跑掉了。接下來就可以去挑戰船埠附近的道館了！造船的主要材料是鋼，自然這裡的道館也延續了這個傳統，而且升降台是這個道館的特色！
鋼系道館規則：只要踩上地面上有“+”號標志的升降台，就會自動升起或下落或移動，一直來到紅色外框的十字標志處就可以見到館主了。
鋼系道館戰斗資料：
LV38大鋼蛇
LV34小磁怪LV34小磁怪LV34小磁怪
LV37小磁怪
LV40鋼鐵螳螂
LV35小磁怪LV35小磁怪
LV35大鋼蛇LV37大鋼蛇
LV35古銅鏡LV36古銅鏡LV38古銅鏡
館主：LV37三合一磁怪，LV38大鋼蛇，LV41鋼面龍
強力的攻擊終於擊破了鋼鐵的防御，獲得鋼鐵徽章和技能訓練機91。
一出道館門被勁敵拉到圖書館門口，卻發現自己還沒得到秘傳機怪力——“你還沒去過鋼鐵島吧？那就快去啊！”OK，向鋼鐵島進發，在港口跟船員對話，航向鋼鐵島！來到鋼鐵島，在洞口看到波導勇者彥，跟他對話，獲得秘技訓練機04怪力！現在你可以選擇跟著彥進去鋼鐵島裡面看看，順便解決一下這裡的銀河團問題，當然也可以暫時無視，以後再來~咱們還是先繼續咱們的主線流程~
在鋼鐵島取得了秘技04怪力，坐船（或直接飛也行）返回美央市，跟圖書館門口的勁敵對話，一起進去吧。上到三層，看到博士、副主角和勁敵都已經等候在這裡了，作為口袋進化權威的博士告訴他們，在新奧地區有3片水域與怪獸的進化有很大的聯系，三人要一起去解開這個謎題！女主角和勁敵被博士派往了遠在北方的金岬市去做調查，而叫給主角的任務是前往律詩湖畔。正在這時電視裡傳來了讓人吃驚的影像！火山開始了爆發，這是自然界發生了巨大的異變，事不宜遲，趕緊行動吧！正在這時有船工跑來告訴大家律詩湖發生了意想不到的狀況！事不宜遲，趕快行動起來，前往律詩湖！
從戶張城一路向下來到律詩湖畔——注意了，不是進入城市，在城市之前的最後一片草地左下方有一個缺口，原本被兩個人攔住的，現在已經消失了，從這裡進入律詩湖畔。一進去看到的第一眼腦袋都大了……又是銀河團……就知道跟你們拖不了干系……湖水已經干涸，地面上到處是泥濺躍的鯉魚王……來到左邊更是看到一堆鯉魚王……為了拯救鯉魚王，華麗地戰！從下面的洞穴進入地下水洞穴，一個可疑的家伙正在這裡，上去一問才知道，他也是銀河團的干事之一！開戰：LV38大嘴蝠LV40毒斗蛙LV38古銅鏡。打敗他後終於知道了事情的真相：銀河團為了得到沉睡在三大水域的神秘力量正在做邪惡的努力，為了獲得這份力量他們將不擇手段……
律詩湖問題解決，接下來不知道博士他們去的神事湖怎麼樣了呢？飛回自己家（冒險開始的地方），從這裡出村向左來到神事湖畔，沒想到竟然看到博士正被銀河團糾纏！快救副主角！這次的三干事之一用的是LV38大嘴蝠LV38古銅鏡LV40肥藍貓。救下了博士和副主角，又為勁敵擔心起來了，那麼就趕緊去最後一個湖看看情況吧！
解決了這裡的事件，不要耽誤，現在已經可以使用怪力了，繼續向地圖最北方的金岬市出發！從離殿元山最近的冠鳳鎮出發向左進入山洞，提前准備好會怪力、碎石以及沖浪的怪獸，如果不想走幾步就遇一次敵的話驅蟲劑也是不可缺少的。進入地下2F會出現濃厚的迷霧，這裡面可以揀到的物品有：星砂、發光黏土、PP值最大提升、復活藥、柔軟的沙子；如果不在乎這些物品的話也可以貼近左邊的牆壁一直走到最上面盡頭出然後再向右走就可以上樓梯了（這裡的路上多了一個洞，可以拿到不融冰，疑似跟冰柱有關）；從洞穴出來，到達寒冷的216號道路，這裡飛舞著漫天的雪花，首先要注意地面的積雪的效果與沼澤無異，都會陷進去，需要動一動才能出來，而且這邊的訓練師的等級比較高，最好稍微練一練級再來通過；另外這種天氣下作戰時是作為冰雹天氣來看待的，也就是說如果不是冰系怪獸的話每回合都會損失HP的。路上可以揀到凍傷藥；
在途中會有一個小屋可以提供住宿，體力全回復哦~~~使用方法是鑽進那張床裡的被窩，然後面朝下按A……
與216號道路相連的是217號道路，一樣的冰雪飛舞，區別是217號的暴風雪飛舞地更誇張了，路已經基本看不清了，最好是沿著樹走，不容易走丟……在路上突然碰到前來的格斗系館主李子，哇靠，她居然丟下一句沒事就自己先跑了……
注意！！！這裡的雪地裡靠左側有一個小房子，房屋外面的後側有一個精靈球，裡面裝的是秘籍訓練機08這個一定要找到並帶上！另外有一個防御增加劑和技能訓練機07不要漏下了，附近相對的右側也有一個房屋，與裡面的女人對話可以得到提升鬼系能力的，雪地裡還隱藏著高級球。當終於穿過了冰雪和強力訓練師的雙重封鎖後，終於來到了湖畔，可是要爬上高台的話，需要使用攀巖，而要攀巖就要先去挑戰冰雪金岬市的道館……
好吧，那就先來到右邊積雪的金岬市。不過這麼冷的地方呆久了可不好，趕快整理一下去進行道館挑戰賽！既然是冰道館當然主題離不開冰和雪了！
冰雪道館規則（未變化）：道館裡的冰面在前面沒有障礙或特殊地面前會一直向前滑行；而道館內的雪球需要在離其一定距離的地方滑沖下來就可以將其撞破，因此，只要想辦法把館內中央的全部雪球都弄碎就可以見到館主了（提示：先把左右兩豎排弄碎，接下來對中間一排的采取橫向分別各個擊破，注意對准了再往下沖，OK）。
冰雪道館戰斗資料：
LV39冰斗笠LV40冰斗笠LV42鬼面冰
LV44鬼面冰
LV44長毛豬
LV41冰雪樹人LV42紐拉
館主：LV40紐拉LV40長毛豬LV44雪女LV42冰雪猿人
獲勝後獲得冰雪徽章和技能訓練機72。
既然已經可以攀巖就別耽誤了，出金岬市向左使用攀巖來到英知湖畔，果然勁敵正被一個紫發女人纏住了，看到主角出現，她撇下了一句“我們不會做任何破壞，你們不要多管閒事”便離開了……可是她說的水裡怪獸會顯現出來是什麼意思？勁敵覺得沒什麼也離開了，可是覺得事情沒這麼簡單的主角乘著沖浪怪獸來到湖中間的洞裡，又發現了神秘的水符……
看來和銀河團決一勝負的時刻已經到了。還記得他們的本部嗎？沒錯，戶張城的大廈，就是這裡。再次來到戶張城，在右邊的大廈門口雷達前看到一個正在自言自語的團員，上前打聲招呼，沒想到他竟然驚慌地逃跑了，而適時趕來的漢薩姆先生讓自己先去旁邊的倉庫。繞一圈來到大廈左邊的那個小倉庫，進入後漢薩姆打開了倉庫大門~~~門口的暗之石別忘了揀。進入地下倉庫，這裡的任務就不用說明了吧？全部放倒。順樓梯來到另一棟建築裡，這裡就是考驗記憶力的瞬間轉移裝置地帶了，踩上黃色的會被瞬間轉移到其他地方，就看各位的記憶力了。在這裡通過不斷傳送可以揀到特殊防御增加劑、技能36、技能49、技能21（須先拿到鑰匙）；而在揀到技能36的附近還能夠得到銀河團的鑰匙，這樣就可以自由開啟帶有黃色G字符號的門了。
取得鑰匙以後從倉庫出來再次來到右邊銀河團大廈，在黃色G字門前調查開門，和剛才的原則一樣，全部擺平！順便說聲，這裡也有有床的地方，使用方法不變，進被窩面朝下按A睡覺，體力全回復。路上碰到漢薩姆先生，兩人一起觀摩了銀河團動員大會……一路殺到最深處，見到了那個藍頭發的男人，原來他竟然是銀河團老大！多說無益，戰。LV41紐拉LV44叉子蝠LV46紳士鴉。戰勝BOSS 後他竟然把大師球交給了主角。“希望你能找到自己的搭檔……想要拯救水裡的怪獸的力量在這裡……”跟上他，通過唯一的傳輸器來到實驗室，在最深處看到自己曾經戰勝的那位干事正在操縱著巨大的機器，當主角詢問他為什麼要這麼做時，他竟然說：為了向這個世界復仇……開戰。LV42大嘴蝠LV42銅鏡LV44毒斗蛙。戰勝他後他終於做出了讓步，而就在主角把機器關上時，三只神秘的怪獸消失了，他們又回到了屬於各自的地方。不過，伴隨著他們的消失銀河團的計劃也真的停止了嗎？也許就象那個干部所說的，殿元山中還隱藏著他們最終的秘密。
匆匆趕往殿元山（上次是從211道路進入的，這次從207號的道路走），記得帶上能學會新取得的08號秘籍攀巖及碎石、沖浪的怪獸，洞裡可以獲得攻擊增加劑、HP全回復、技能80、復活藥、防御增加劑（出洞）；途中漢薩姆先生又帶來了“”，並把一切交給了主角。在洞穴深處果然再次見到銀河團！從洞穴中出來，又是漫天飛雪的地帶，這裡可以使用攀巖，當然想從下面繞也沒問題……進入新的洞口後繼續向上爬，打敗銀河團後出洞再爬……這裡的迷宮線路不是很復雜，就看各位自己的方向感了，反復出洞入洞幾次後終於殺到了殿元山頂的神殿遺址。來到深處，看到銀河團老大和另外兩位干事已經在這裡了，先和匆忙趕來的搭檔並肩做掉兩個干事，但是銀河團老大的召喚儀式開始了……異次元的時間之神鑽石獸和空間之神珍珠獸同時出現了……果然三只蘑菇所守護的就是它們……然而，就當二神與三聖的力量同時出現的時候，地上卻浮現出了另一個陰影……暗黑鬼龍登場！一陣黑暗襲來，二神和銀河團老大都不見了蹤影~！希羅娜趕到了，她告訴眾人，這是來自反轉世界的鬼龍的力量，如果不阻止的話新奧整個世界將會面臨巨大的災難。那麼就不要猶豫了，跟著聖之力量進入反轉世界！
在暗黑世界的游戲操作已經不能用常理來解釋了……總之先跟著希羅娜走……不過其實也就是多了個像超級馬裡奧一樣的單格跳躍……所有的視角旋轉都是自動操作的，所以……
注意石板，石板上有固定的機關點，踩到了機關點就會移動，並且有的石板還有不止一個的機關點，一定要注意石板的走向，找到希羅娜對話後從她讓開的地方通過，具體走法晚點貼圖，反正每個石板多踩幾格，有一個石板的那一格剛好被視線遮擋- -
在終點處見到了銀河團老大赤木，跟著他走吧，注意暗黑世界的第二個特征，有的地方看似無路，走近了路就出現了，另外的地方遠遠看著有路，走近了就消失了……所以每個岔道盡頭都走走試試，反正也不復雜。
接下來有點像紅綠版裡的推石頭游戲，使用怪力把大石頭從懸崖邊上推下去，然後坐石板降下，再次見到希羅娜，然後繞到上面，看好黃聖菇在那個坑邊上就把石頭推進那個坑裡；接著坐石板再上去，到左邊，看到紅聖菇，一樣的把石頭先推下去，然後從左邊繞到另一個石板上，先上升，然後走過神隱不定的“樹林”後再坐石板繼續上升，回到若隱若現的地方，重新下去，找到剛才推下去的石頭，看紅蘑菇在哪個坑就把石頭推進那個坑裡；然後還是回到上一層，到右邊(去追藍發老大，需要沖浪才能到達)，最後的藍蘑菇也照著指引推就OK了。
三個坑都堵上了，再去希羅娜對話，最終指引的石板終於出現！追上了藍發的赤木，一場惡戰在所難免了！LV45地獄犬+LV46暴鯉龍+LV46叉子蝠+LV47紳士鴉+LV48瑪紐拉
被打敗的赤木悻悻地走了，但是這個反轉世界的宿主——最強大的鬼龍應怎麼去平撫呢……算了平撫太麻煩了，直接打死或者收服就行了，LV47，搞定。但是這個世界失去了自己的宿主，主角和希羅娜也必須返回自己的世界了。對著光球調查，返回現實世界，發現來到了律詩湖邊的那個不為人知的秘密泉水處……希羅娜興奮地讓主角快向博士去報告。
飛往博士研究所所在的真砂鎮，向博士匯報了在反轉世界發生的事情後博士很贊許地讓主角繼續去向精靈聯盟挑戰自己的實力。最後的道館等待著自己！好了，最終的道路開啟了，從律詩湖開始向右出發吧！來到222號道路，12、13、14、23號果實*2、蜂蜜、速度增加劑；穿過城市玄關，進入最後的名木市。一來到這個城市一位自稱四天王之一的紅發豪爽男子就迎了上來，說什麼用一場火熱的對戰去點燃這個城市道館館主的激情……看來又要自己去找那位館主了……
城市的右下角可以揀到雷之石；附近用攀巖能上去的房子中研究員會給你口袋手表的日歷功能；從天橋上來到右下方的房子，坐電梯來到二層，與中間的男人對話後他便離開了——他就是這裡的道館首領，從這裡的中間的那個嘹望鏡可以看到對面被霧籠罩的第八道館哦~~~OK，整理一下就進行道館挑戰吧！來到城市天橋的左上方，與門口的紅發男子對話後就可以進入了！
電氣道館規則（未變化）：旋轉齒輪，踩有綠蘭紅色標志的齒輪中心就會是齒輪發生轉動（蘭色順時針，綠色逆時針，紅的旋轉180度）——同時其他齒輪也會轉動，所以如何產生通路就要靠不斷的轉動了。
電氣道館戰斗資料：
LV47電松鼠
LV47三合一磁怪
LV44小磁怪LV44藍電獅LV44藍電獅
LV42皮卡丘LV42皮卡丘LV42皮卡丘LV42皮卡丘
LV47雷丘
LV47電擊獸LV48雷丘
LV45藍電獅LV45藍電獅
LV47電擊獸LV48三合一磁怪
館主：LV46雷精靈LV46雷丘LV50狂電獸LV48雷電獅
戰勝後獲得電氣徽章和技能57。
終於圓滿了！出道館以後到海邊同高度疑似金銀裡鋼系首領的女孩對話獲得秘籍07逆流，下一目標直指精靈聯盟！先去拿上能學會逆流的怪獸——沒有也不要緊，這附近的海面上很容易遇到毒刺水母能學，抓一個來就可以了，而且等級也不低。一路向上通過逆流後進入最終試練的洞穴。進入前請攜帶沖浪、攀巖、逆流、碎石、怪力的怪獸。這裡比較大，容易迷路……能獲得的物品有：異常狀態回復藥、技能41、PP全回復、技能59、升級藥、、特防增加劑、技能79。注意洞裡快到出口的那層有個地方暫時被堵著過不去，不是那邊，換地方再找路；出洞後再使用沖浪+逆流就來到了最後決戰地 ——精靈聯盟！
注意如果還沒有做好最後的准備之前不要靠近中間門前的那個人，勁敵會突然沖來發起挑戰！算是四天王前的熱身戰！LV48的椋鷹+LV51鋼帝企鵝+LV49卡比+LV48怪力甲蟲+LV47烈炎馬+LV47假面玫瑰；慘敗的勁敵失望地走了，但他說自己也要為了挑戰精靈聯盟努力！向門口的人出示8枚訓練館徽章，正式開始最後的挑戰！——提前准備好回復藥，這次是蟲地火超四大天王+冠軍，獲勝後一周目通關達成！
——一周目·終——
算了先發份簡單的天王資料吧：
蟲天王 亮
LV49古蜻蜓
LV53龍蠍
LV51怪力甲蟲
LV50女皇蜂
LV49鋼鐵螳螂
地天王 菊野
LV50地震鲶魚
LV53巨鉗天蠍
LV52砂暴河馬
LV52隆隆巖
LV55裝甲暴龍
火天王 奧巴
LV52地獄犬
LV55火精靈
LV55豪火猴
LV53烈焰馬
LV57鴨嘴暴龍
超能天王 五洋
LV53 吸盤魔偶
LV55 光精靈
LV56 胡地
LV59 超能斗士
LV54 古圖騰
冠軍
LV58鬼盆栽
LV58美麗龍
LV60光翼獸
LV62地龍
LV60魯卡裡奧
LV58假面玫瑰
